Η συλλογή ιαπωνικής τέχνης του Μουσείου αριθμεί περίπου 6.200 αντικείμενα. Ο κύριος όγκος της συλλογής προέρχεται από τη δωρεά Γρ. Μάνου (1927) και τη δωρεά Ν. Χατζηβασιλείου (1974).

Οι αρχαιότητες χρονολογούνται από το ca. 10,500 – 300 π.Χ. μέχρι και το 19ο αι. μ.Χ. Η συλλογή του Μουσείου καλύπτει όλες τις περιόδους της ιαπωνικής τέχνης καθώς οι απαρχές του ιαπωνικού πολιτισμού αγγίζουν την περίοδο μέχρι και τον 6ο αιώνα μ.Χ., ενώ η συνέχειά του περιλαμβάνει και σύγχρονα έργα τέχνης, όπως π.χ. κεραμικά, που είναι κατασκευασμένα με τον παραδοσιακό τρόπο από διάσημους καλλιτέχνες, γνωστούς ως «εθνικούς θησαυρούς εν ζωή» (living national treasures).

Η τέχνη της Ιαπωνικής ζωγραφικής με έργα από τις συλλογές Χατζηβασιλείου και Μάνου παρουσιάζεται στη δυτική πτέρυγα του πρώτου ορόφου του Μουσείου. Τα έργα, πτυσσόμενα παραβάν, κύλινδροι ανάρτησης και ανάγνωσης καθώς και ξυλογραφίες ουκίγιο-ε, χρονολογούνται από το 17ο έως το 19ο αιώνα. Στη συλλογή περιλαμβάνεται ένα από τα ελάχιστα σωζόμενα ζωγραφικά έργα του Sharaku καθώς και αντίγραφο των παραβάν της σχολής Κανό που κοσμούσαν το Κάστρο Nijo. Η μεγάλη καλλιτεχνική σημασία τους είχε ως αποτέλεσμα την έκθεσή τους, μαζί με τα άλλα έργα του Μουσείου στο Tokyo Metropolitan Edo-Tokyo Museum το 2009 καθώς και στο Παρίσι – Maison de la culture du Japon à Paris το 2011.

Τον Απρίλιο του 2015 το Μουσείο Ασιατικής Τέχνης Κέρκυρας παρουσίασε τη νέα μόνιμη έκθεση Ιαπωνικής τέχνης με σπάνια αντικείμενα που εκτίθενται για πρώτη φορά στο ελληνικό κοινό. Η περιήγηση στους εκθεσιακούς χώρους ξεκίνα με την αυγή της ιαπωνικής τέχνης κατά τα προϊστορικά χρόνια (13.500 π.Χ.-552 μ.Χ.) και συνεχίζει με την εισαγωγή του Βουδισμού στο ιαπωνικό αρχιπέλαγος. Η διάδοση του Zen Βουδισμού, ο Δρόμος του Τσαγιού, οι θεατρικές παραστάσεις και οι νυχτερινές επισκέψεις στις γκέισες κατά την περίοδο Έντο (1600-1868) καθώς και η ζωή των Σαμουράι διαμορφώνουν στον επισκέπτη μια συνολική εικόνα της ανάπτυξης και εξέλιξης του Ιαπωνικού Πολιτισμού.